Krankheitserreger sind Lebewesen oder subzelluläre Erreger, die in anderen Organismen gesundheitsschädigende Abläufe verursachen. Krankheitserreger können Algen, Bakterien, Parasiten, Pilze, Prionen, Protisten, Viren oder Viroide sein.
Der Begriff Pathogen wird oft gleichbedeutend für Krankheitserreger verwendet, hat aber ähnlich wie das Adjektiv pathogen eine allgemeinere Bedeutung. Auch schädliche Stoffe (Gifte) und ionisierende Strahlung können im Sinne von „Krankheitsauslöser“ als Pathogene bezeichnet werden.