Mikroorganismen sind mikroskopisch kleine Organismen, die als Einzelwesen nicht mit bloßem Auge erkennbar sind. Sie werden auch als Mikroben oder Kleinstlebewesen bezeichnet.
Zu den Mikroorganismen zählen Bakterien (z.B. Milchsäurebakterien), viele Pilze (z.B. Backhefe), mikroskopische Algen (z.B. Chlorellen) sowie Protozoen (z.B. Pantoffeltierchen und der Malaria-Erreger Plasmodium). Häufig werden auch Viren zu den Mikroorganismen gerechnet, obwohl sie überwiegend nicht als Lebewesen angesehen werden.